Il Rupertinum, situato nel centro della città vecchia, è stato menzionato per la prima volta nel 1350. Sotto l'arcivescovo Paris Lodron, il palazzo di città "Collegium Rupertinum" è stato utilizzato come seminario. Finito nel 1633, il palazzo di città è stato costruito in stile barocco all'inizio. La casa ha una posizione di primo piano tra Franziskaner Chiesa e Kollegien Chiesa ed è stato utilizzato come seminario dalle Arcidiocesi di Salisburgo per molti secoli.
Fino al 1974 il Rupertinum è stato utilizzato come dormitorio. Nel 1983 il Rupertinum è stato aperto come Salzburg Museum of Modern Art e Graphic Collection.

Nel corso degli anni le strutture del Rupertinum sono state adattate per conformarsi alle norme internazionali; la più grande ristrutturazione avvenuta nel 1999. Oggi l'edificio offre le condizioni ideali per mostre di grafica e fotografie.

Su Max-Reinhardt-Square l'edificio si apre in un cortile tipico per le case del centro storico di Salisburgo.