O Museu foi fundado por Bandini Bandini Canon em 1795, na igreja de Sant'Ansano.

A coleção de arte foi deixado como por vontade legal de Bandini ao Capítulo do Duomo de Fiesole "para o benefício e bem do público", como se afirma na vontade. Bandini reuniu as obras dos chamados artistas "primitivas", que foi ameaçado pela repressão eclesiástica durante o governo Lorena. As obras das idades tardias-middle e início do Renascimento, que, na época, não foram apreciados pelo seu verdadeiro valor artístico, despertou o interesse em Bandini principalmente pelo seu valor histórico e sua capacidade de ilustrar as origens da cultura local. Após a morte de Bandini, a coleção permaneceu em sua casa, que foi localizado perto da igreja San Ansano. A coleção foi mais tarde mudou-se para o museu em 1913.