Localizado no Palácio de San Pedro, uma das obras mais significativas da arquitectura civil Português de meados do século. XVIII, o Museu de História Natural do Funchal foi inaugurado oficialmente em 05 de outubro de 1933.

Até então, o Palácio de San Pedro desempenhou várias funções ao longo da sua existência. Originalmente foi a residência dos Condes de Carvalhal; em 1882 e sob a direção de D. Carolina Sheffield correu o Hotel Sheffield; em 1883, a Irmã Mary Jane Wilson (fundadora da Congregação Franciscana de Nossa Senhora das Vitórias), não estabeleceu o Colégio St. George e, em 1897, trabalhou no mesmo espaço do Clube Internacional. Após a sua compra pela Câmara Municipal do Funchal, em 19/09/1929, eles vieram para trabalhar no Palácio de St. Peter as seguintes instituições: a Biblioteca Municipal do Funchal, o Museu Regional da Madeira eo Arquivo Regional da Madeira. Actualmente, apenas funciona neste edifício do Museu de História Natural do Funchal, a sua Biblioteca Cientí­fica eo Aquário Municipal. O Jardim de Plantas Medicinais e Aromáticas também fazem parte integrante deste edifício.