A rua das Flores foi aberta a partir de 1521, ocupando toda a terra agrícola pertencentes ao Bispo da cidade.

Tornou-se uma das mais importantes ruas da cidade, preferida pelos nobres e burgueses que aqui construíram mansões de luxo.

Entre os edifícios mais requintados estão a Casa dos Maias (n. º 29) e a Casa dos Cunhas Pimentéis (na esquina do Largo S. Domingos) que foram construídas no século XVI. A Casa dos Sousa e Silva (n. º 79-83) e a Casa dos Constantinos (139 º n.) datam do século XVIII.

No n. º 5 encontra-se a Igreja da Misericórdia pertencente à segunda metade do século XVI.