Se encuentra en el centro de la ciudad, en la plaza que lleva su nombre, "Plaza San Francisco". Fue construido entre los siglos XVI y XVIII en el llamado estilo barroco mestizo. La iglesia está abierta al público de lunes a sábado por las tardes. De lo contrario, los viajeros pueden contemplar la estructura de la plaza en frente de la chuch, cerca de la Calle Sagarnaga y Mercado de las Brujas.