Ele está localizado no centro da cidade, na praça que leva seu nome, "Plaza San Francisco". Foi construído entre os séculos XVI e XVIII, no chamado estilo barroco mestiço. A igreja é aberto para visitas de segunda a sábado à noite. Caso contrário, os viajantes podem apreciar a estrutura da praça em frente à igreja lindamente charmosa, perto de Calle Sagarnaga e Mercado das Bruxas.